প্রকৌশল শাখায় কমিশনের গবেষনা কার্যক্রম সীমিত হলেও তা অত্যন্ত গুরূত্বপূর্ণ। কমিশনে প্রকৌশল শাখার নিম্নলিখিত উল্লেখযোগ্য ক্ষেত্রসমূহে গবেষনা কার্যক্রম পরিচালিত হয়।
(ক) নিউট্রন পদার্থবিজ্ঞান ও রিঅ্যাক্টর প্রকৌশল
(খ) গবেষনা চুল্লী সংক্রান্ত প্রকৌশল ও নিয়ন্ত্রন কার্যক্রম
(গ) গবেষনা চুল্লী পরিচালনা ও রক্ষণাবেক্ষণ
(ঘ) কেন্দ্রীয় প্রকৌশল স্থাপনা